Hiện ông đang là Chủ nhiệm khoa Tai Mũi Họng của Bệnh viện Quân y 103. Với cương vị Đại tá trong quân đội, cùng hơn 30 năm kinh nghiệm trong chuyên khoa Tai Mũi Họng, Bác sĩ Nguyễn Phi Long vừa là giảng viên, vừa là bác sĩ đã thăm khám và điều trị cho hàng ngàn ca bệnh, được nhiều người bệnh lựa chọn thăm khám để yên tâm hơn về tình trạng sức khỏe, chẩn đoán đúng bệnh và có tư vấn điều trị hiệu quả. Quá trình công tác tại Học viện Quân Y giúp Bác sĩ Nguyễn Phi Long liên tục nâng cao chuyên môn, cập nhật các phương pháp và kỹ thuật điều trị mới nhất, tốt nhất cho người bệnh, đặc biệt trong lĩnh vực ung bướu với đề tài “Nghiên cứu chẩn đoán và điều trị các di căn hạch cổ trong ung thư đầu cổ, và di căn không rõ nguồn gốc”. Trong suốt quá trình công tác khám chữa bệnh, TS. BS CKII Nguyễn Phi Long đã cống hiến cho nền Y học nước nhà rất nhiều công trình nghiên cứu, báo cáo khoa học, nhận nhiều bằng khen - huân chương của Chủ tịch nước, Bộ Quốc phòng và ông cũng có sáng chế độc quyền hữu ích đưa vào ứng dụng thực tiễn